Бидний тухай
Багш ажилтан
Тус төсөл нь Фотосинтез, Биоинформатик, Биостатистик гэсэн гурван дэд сэдэвтэй. Төслийн судалгааны ажлын хүрээнд дараах зорилтуудыг тавив. Үүнд: Ургамлын фотосинтезэд орчны нөхцөл, соронзон орны үзүүлэх нөлөөг судлах Улаанбаатар хотын дотоод орчны дуу, шуугианы түвшинг тогтоох Бүтэц нь тодорхойлогдсон Лейцин баялаг давталтад уургийн хеликсийн параметрыг тодорхойлох Хүний биологи, физиологийн хэмнэлийг шалгах хангалттай үнэмшлийн магадлал бүхий шалгуурыг бий болгох. Тус судалгаанд хлорофиллийн флуоресценцийг Fluor Pen (FP 100), шуугианы түвшинг TES-1353H багажаар, уургийн хеликсийн параметрыг HELFIT програмаар, биохэмнэлийг статистик аргаар судлав. Дээрх 4 зорилтын хүрээнд судалгаа хийж дараахь дүгнэлтүүдийг гарган авлаа. Үүнд: 1) Фотосинтезийн судалгааны үр дүнгээс харахад навчны флуоресценцийн максимум ба стационарь утгын харьцаа ба флуоресценцийн оптимал квант гарц 12-14 цагийн орчим минимумтай парабол хэлбэртэй байсан. Дундаж утгаар үзвэл оптималь квант гарц хээрийн ургамалд 0.75-0.76; нугын ургамалд 0.72-0.73 байсан ба флуоресценцийн унтралтын харьцаа хээрийн ургамалд 2.95-3.35; нугын ургамалд 3.40-3.43 байлаа. 5мТ тогтмол соронзон орноор 5 минут, 30 минут, 60 минут үйлчлүүлсэн үрнээс ургасан навчинд агуулагдах хлорофилл а-ийн хэмжээ соронзон орноор үйлчлээгүй үрнээс ургасан навчинд агуулагдах хлорофилл а-ийн хэмжээнээс харгалзан 70, 16 хувиар өсч, 16 хувиар буурсан бол хлорофилл б-ийн хэмжээ харгалзан 57, 26, 12 хувиар өссөн байна. Харин каротиноидын хэмжээ харгалзан 57, 37, 3 хувиар өссөн байна. 17 Гц-ийн 5 мТ соронзон орноор 5 минут, 30 минут, 60 минут үйлчлүүлсэн үрнээс ургасан навчинд агуулагдах хлорофилл а-ийн хэмжээ соронзон орноор үйлчлээгүй үрнээс ургасан навчинд агуулагдах хлорофилл а-ийн хэмжээнээс харгалзан 48, 12 хувиар өсч, 27 хувиар буурсан бол хлорофилл б-ийн хэмжээ харгалзан 10, 26, 26 хувиар өссөн байна. Харин каротиноидын хэмжээ 48, 35, 4 хувиар өссөн байна. Нугын ургамлуудын флуоресценцийн үзүүлэлтүүд хээрийн ургамлуудынхаас харьцангуй илүү байгааг тэдгээр экологийн орчны усны хангамжтай холбоотой гэж үзэж байна 5 мТ тогтмол болон 17 Гц-ийн хувьсах соронзон буудайн үрээс соёолсон навчны пигментийн нийлэгжилд ижил эерэг нөлөө үзүүлэх бөгөөд, энэ нь соронзон орны төрөл, үйлчлэх хугацаанаас хамаардаг болохыг тогтоов. 2) Улаанбаатар хотын зарим олон нийтийн газрын төвшний хэмжилтийг олон нийтийн газарт олон улсын стандартын шаардлага хангасан багажаар хэмжиж, стандарттай харьцуулав. Улаанбаатар хотын дотоод, гадаад орчны дуу, шуугианы түвшин нь Монгол улсад батлагдсан стандартаас дунджаар 1-16дБА-аар өндөр байна. Энэ нь Улаанбаатар хотын иргэд шуугиан ихтэй орчинд ажиллаж, амьдарч байгааг илтгэж байгаа бөгөөд цаашид байнгийн мониторинг хийж, шуугиан хүний эрүүл мэндэд хэрхэн нөлөөлж байгааг судалж тогтоох шаардлагатайг харуулж байна. 3) ЛБД агуулсан дараалал нь вирусээс эукариот хүртэлх 20000 гаруй уурагт агуулагдаж байна. Бид ЛБД агуулсан 114 уургийн 642 бүтцийн хеликсийн параметрийг өөрсдийн зохиосон HELFIT програм ашиглан тодорхойлов. ЛБД уургийн хеликсийн параметрүүд нь ЛБД уургийн 8 ангитай болон ЛБД агуулсан уургийн давталтын тоо, бүтцийн олигомери үүсэлт, лигандтай холбогдох төлөвтэй хамааралтай байгааг тогтоов. 8 ангийн ЛБД уургийн хеликсийн параметрүүд нь хоорондоо давхцах болов ч ЛБД уургийн дотоод хүнхэр гадаргууд байрлах β-утаслагуудын хоорондын зай тогтмол байгаа нь хеликсийн параметрыг тодорхойлох анхдагч хүчин зүйл болж байна. Давталтын тоо (n) цөөн үед бүтэц илүү өөрчлөлттэй буюу уян хатан байна. n ≥ 10 ЛБД агуулсан уургуудын хувьд “RI-төст”, “Цистейн агуулсан” ангиудын ∆z (давталтын нэгжид оногдох хеликсийн тэнхлэгийн дагуу шилжилт) нь “SDS22-төст”, “Ургамалын” ангиудынхаас бага байлаа. Энэ ялгаа нь бүтцийн нэгжийн ялгаагаар тайлбарлагдаж байна. Хеликсийн параметрүүд нь ЛБД уургуудын эргэлтийн чиглэл (handedness), хеликсийн димер, дэд домейныг тодорхойлж чадаж байна. Мөн тэрчлэн хеликсийн параметрүүд нь уураг-уургийн харилцан үйлчлэл, гликолизац, мутациар өдөөгдөн бий болох бүтцийн өөрчлөлтийг маш сайн мэдэрч илэрхийлж байна. 4) Элсэлтийн ерөнхий шалгалтын дүнгээс үзэхэд хүний сэтгэн бодох үйл нэг жилийн хэмнэлтэй бөгөөд, хэлбэлзлийн эхний хагаст сөрөг, сүүлийн хагаст эерэг шинжтэй байна. Хэмжээст оноо монгол хэлний шалгалтын хувьд эмэгтэй Бумбынханд гурван жилийнхээ дунджаас дээш +11.21, Мэлхийнхэнд доош -11.06 ба зөрөө 22.27 байна. Эрэгтэй Бумбынханд гурван жилийнхээ дунджаас дээш +9.26, Мэлхийнхэнд -9.03 ба зөрөө 18.29 байна. Онолоор тооцож үзэхэд энэ зөрөө эмэгтэйд 22.27 (4.32%), эрэгтэйд 18.29 (3.85%) байна. Нарны хөдөлгөөн, түүний шар замын хавтгайд харагдах байрлалаас шалгуулагчдын шалгалтад авсан хэмжээст оноо хамаарч байна. Энэ нь зөвхөн Элсэлтийн ерөнхий шалгалт (ЭЕШ)-ын дүнд харагдаж байгаа үзэгдэл төдий биш, ер хүний сэтгэн бодох үйл ажиллагаа нэг жилийн үе бүхий хэмнэлтэй болохыг харуулж байна. Энэ бол байгалийн ерөнхий зүй тогтлын нэг, хүний сэтгэн бодох үйлийн шинж юм. Үүнийг анх удаа илрүүллээ. Энэ хэмнэлээс болж элсэлтийн ерөнхий шалгалт өгөгчид мэдлэг чадвараараа биш, харин ямар одны ордод төрснөөсөө болоод 30.95 хүртэлх хэмжээст онооны зөрөөтэй эрэмбэлэгддэг байна.
This project involved three subtopics - Photosynthesis, Bioinformatics and Biostatistics. Main purposes are, following. - To study an influence of environmental conditions on photosynthetic activity - To determine the level of noise in Ulaanbaatar - To determine helical parameters of Leucine-rich repeat proteins using their known structures data - To create reliable parameters for determine human biological and physiological rhythms In this study the following main instruments, software and methods mainly used: Fluor Pen (FP 100) is for the estimation chlorophyll fluorescence, TES-1353H is for determination of sound level meter and HELFIT program is for the determination of sound level, and statistical methods for the analysis of biorhythm. Main conclusions are - the ratio of maximum and steady/stationary values of fluorescence and optimal yield are minimum around 12 – 14 pm When experimental plant seeds are irradiated with 5MT magnetic field for 5, 30 and 60 minutes, chlorophyll-a concentrations in leaves are increased by 70 and 16 and decreased by 16 percent than those of control seeds, respectively. Concentrations of carotynoid are also increased 57, 37, 3 percent respectivy than control. Fluorescence parameters of meadow plants are higher than that of steppe plants. This effect may cause by the water supply of plants. 2) Sound level of Ulaanbaatar city in inside and outside public places higher than the allowed standards with 1-16dB unit. Further needed long term monitoring and study the real effect on human health. 3) Distances between beta-strands in the concave surface of Leucine-rich repeat proteins are always constant. This parameter is primary factor to determine helical parameters of this proteins. 4) Results of entrance examinations of higher school students to university and college shows that the rate of human mental activity has a periodic change around a year.
Түлхүүр үгс:PFAM, SMART, PROSITE, InterProLRR сангийн мэдээллээр вирус, бактери, эукариотын 100000 гаруй уурагт Лейцин-баялаг давталт (ЛБД) агуулсан амин хүчлийн дараалал байна. Амин хүчлийн дараалал нь тодорхойлогдсон бүх организмууд дор хаяж нэг ЛБД агуулсан уурагтай байдаг. Ихэнх ЛБД агуулсан уураг нь ургамалын дархлааны хариу үйлдэл, сүүгээр бойжигчдын төрөлхийн дархлааны хариу үйлдэлд ажиглагддагтай адил уураг-уургийн харилцан үйлчлэлд оролцоно. ЛБД агуулсан уургууд нь дархлаанаас гадна апоптосис, автофаги, убихинонтой холбоотой процессууд, бөөмийн мРНХ-ийн зөөгдөлт, нейроны хөгжил, патогеник бактерийн 3-р төрлийн шүүрлийн систем зэрэг өргөн хүрээний үүрэг гүйцэтгэхэд оролцоно. Ургамлын ЛБД агуулсан уургууд нь эдийн гэмтэл, симбиозийн хамаарал, өсөлт хөгжилтийн процессуудад сигналын өсгөгчийн үүрэг гүйцэтгэх ба эдгээрийн олонхид киназа, рецептор төст уургууд агуулагдана. Янз бүрийн өгөгдлийн санд одоогоор100 гаруй ЛБД уургийн кристал бүтэц байна. Эдгээр бүтцэд 2-97 давталтын нэгж тандемаар (давталтуудын хооронд өөр амин хүчлийн дарааллууд их хэмжээгээр ороогүй) тохиолддог. Давталт бүр нь 20-30 амин хүчлийн урттай байх ба сайн хадгалагдсан хэсэг (HCS, Highly Conserved Segment) болон хувьсах хэсгүүд (VS, Variable Segment)-д хуваагдана. Сайн хадгалагдсан хэсэг нь LxxLxLxxNxL гэсэн 11амин хүчлээс, эсвэл LxxLxLxxCxxL гэсэн 12 амин хүчлээс бүрдэх ба энд“L” нь Leu, Ile, Val, Phe, эсвэл Met; “N” нь Asn, Thr, Ser, эсвэл Cys; “C” нь Cys, Ser, эсвэл Asn-ийг илэрхийлнэ. Үүнээс гадна 6-р байрлалд заримдаа Ala эсвэл Cys амин хүчлүүд байж болно. ЛБД агуулсан уургийн 8 анги тодорхойлогдсон байна. 2014 онд үед бид бүтэц нь тодорхойлогдсон ЛБД агуулсан уургуудын бүтцийг HELFIT програмаар судалсан. Үүнээс хойш олон тооны ЛБД агуулсан уургийн домейны PDB (Protein Data Bank) файлууд RCSB Protein Data Bank, Protein Data Bank Japan (PDBj)-д нэмэгдээд байгаа бөгөөд ЛБД агуулсан уургийн өгөгдөл тасралтгүй нэмэгдсээр байна. Энэ төслийн үндсэн зорилго нь вэбэд суурилсан HELFIT програмыг хөгжүүлэх, HELFIT програмаар тооцоологдсон ЛБД уургийн соленойд бүтцийн өгөгдлийн өгөгдлийн сан бий болгох юм. Төслийн үр дүнд HELFIT програмын шинэ хувилбарыг хөгжүүлэх ба ЛБД агуулсан уургийн талаарх мэдлэгийн бааз бий болгох юм. Төслийн үр дүнгүүд нь дараахь ач холбогдолтой гэж үзэж байна. Үүнд: - HELFIT нь зөвхөн ЛБД агуулсан уурагт биш өөр олон төрлийн хеликс бүтцийн шинжилгээнд хэрэглэгдэж, олон хүн хэрэглэх болно - ЛБД агуулсан уургийн талаар бий болсон мэдлэгийн бааз нь энэ мэдлэг мэдээллийг олон улсад түгээх эх үүсвэр болох юм. - Энэ судалгаа нь цаашлаад эмийн дизайнд шаардлагатай чухал мэдээлэл хангах болно.
LRR units are present in over 100,000 proteins from viruses to eukaryotes, as listed in the data bases of PFAM, SMART, PROSITE, and InterPro. All organisms for which sequence data are available have at least one protein that contains LRRs. Most LRR proteins are involved in proteinе-protein interactions, as observed in the plant immune response and in the mammalian innate immune response. Beyond immunity, LRR proteins are involved in a broad range of functions including apoptosis, autophagy, ubiquitin related processes, nuclear mRNA transport, neuronal development, and the type III secretion system in pathogenic bacteria. Plant LRR proteins act as signal amplifiers in tissue damage, in symbiotic relationships, and in developmental processes, many of which involve kinases and other receptor like proteins. There are now over one hundred crystal structures of LRR proteins in various data bases. In these structures two to 97 units occur in tandem. Each unit is 20 – 30 residues long and can be divided into a highly conserved segment (HCS) and a variable segment (VS). The HCS consists of an eleven residue stretch, LxxLxLxxNxL, or a twelve residue stretch, LxxLxLxxCxxL, in which “L” is Leu, Ile, Val, Phe, or Met; “N” is Asn, Thr, Ser, or Cys; and “C” is Cys, Ser, or Asn. Moreover, position 6 is sometimes occupied by Ala or Cys. There are eight recognized families of LRRs. Very recently, we performed the HELFIT analysis of the known LRR structures. After that, many PDB files of other LRR domains were added to RCSB Protein Data Bank and Protein Data Bank Japan (PDBj). Structural data of LRR proteins continue to increase. The main purpose of this research is to develop web-based HELFIT program and to construct data base of Leucine Rich Repeat (LRR) solenoid structures analyzed by HELFIT. As a result, we will develop a new HELFIT program and knowledge database of Leucine-rich repeat proteins. We expect the following intellectual merits of this project - HELFIT program can be used for the analysis of all other type of helical structures in proteins - Knowledge base of LRR proteins will provides essential resource for dissemination of this information and knowledge. - Furtheremore, this research will serve as a inmportant information for design of new drug.
